Тут всё просто: любая эстонская компания, у которой есть номер НДС, обязана подавать декларацию по НДС (форма KMD) и приложение к ней (форма KMD INF). Вы можете скачать форму и приложение
здесь. Декларации можно подавать через интернет с помощью эстонской электронной системы уплаты налогов e-Tax/e-Customs.
Декларации НДС по форме KMD и приложение KMD INF с перечнем всех счетов-фактур (инвойсов) по сделкам с отечественными контрагентами на сумму свыше EUR 1.000 в месяц должны быть задекларированы по форме KMD INF. Продажи услуг для государств-членов ЕС, зарегистрированных в качестве плательщиков НДС, нужно также декларировать в ежемесячном списке продаж ЕС, который должен быть предоставлен в налоговую до 20 числа следующего месяца.
Таким образом, для подачи декларации по НДС компания должна собрать все входящие и исходящие счета-фактуры, поскольку они составляют основное содержание самой декларации (и должны быть указаны в приложении к ней). Кроме того, компании обязаны хранить все счета-фактуры в электронном виде в течение 7 лет с момента подачи декларации.